アクアマップへの導入にあたり質問させてください。

・データの保存は通常のSDカードでなく、MicroSDカードでなければいけないのでしょうか?違いはありますか?
通常のSDカードで問題ありません
MicroSDカード+アダプターでもいいです。
容量は32GBまででご使用ください

・アクアマップには2つのカード挿入口があり、切り替えて使えないのでしょうか(海底地形図+データ保存の2個のSDカードを同時使用等)?また、2個ある意味は?

スロットが2個あるメリットは
データをPC無しでコピーできます 友人が作ったと自分のデータををで結合コピーできます
保存をどちらにするか選べます

・NEWPEC全国版 + 海底地形図全国版のカードにすべて保存することが基本なのでしょうか?複合して解析するようなシステムなのでしょうか?

そうではないです
NEWPEC全国版 + 海底地形図全国版のカードとは別のカードに保存しても問題はありません

・水深データはどんどん積みあがっていくシステムでしょうか?潮位補正がうまくできなかった別の日のデータを外したりできるのでしょうか?

潮位補正という概念ではなく自分の母港等の 定点座標に対しての水位が変わっていたら収録データーにその場で可変分を加えて表示する仕組みです

一度探査した水深が10Mであたとします その探査時の母港の水位が5Mだったとします。
次回母港の水位が4Mで1M下がっています。そうすると前回探査したところは自動で9Mと表示します
このようなデータをして表示をするシステムです

既存のデータバックアップ用とAQUAMAPVer3.20 Quickdraw Contours用は別々に2個用意してする必要がありますか?

データバックアップ用SDと
AQUAMAPVer3.20 Quickdraw Contours用アップデートSDは
別々にしてください

の前にかならずバックアップを取ってください
そしてアップデートのSDは左側のスロットに入れてください。

それではよろしくお願いいたします