ホームポートの水深表示のフィート表示をメートル表示にするには、どうすれば良いのでしょうか?

ctrl+Oで設定できます。
以下の画像のように設定してください。

ホームポートの水深表示を変更

「option」→ 「general」タブの中の「measurement system」のセレクトボックスを「Metric」に変更。